管理科学与工程系是清华大学经济管理学院历史最为悠久的系之一。其前身为清华大学管理工程系，于1979年成立，并开始招收管理工程专业研究生，1980年招收首届本科生。1981年获得“系统工程”博士授予权。1985年，建立管理科学与工程博士后流动站。2001年管理科学与工程学科被评为国家重点学科。2002年，所属现代管理研究中心被评为“教育部人文社科重点研究基地”。2005年，建立“国家哲学社会科学创新基地”。“管理科学与工程学科”在2012与2017的全国高校学科评估中均被评为A+。

管理科学与工程系现有在职全职教师二十余人，并聘有多名国外资深学者担任访问教授，师资中有多名国家级人才计划入选者。本系教师承担大量国家自然科学基金和部委的研究课题，包括多项重大/重点/人才基金课题，同时也承担许多来自企业的研究课题。目前拥有电子商务实验室、软科学实验室、企业资源规划（ERP）实验室等多个开放式研究平台。主要研究方向包括信息系统与信息管理、企业运作与优化、智能供应链、商务智能与商务分析、复杂系统建模与决策、优化模型、统计模型，及企业应用与推广等。

系主任为卫强教授。

本科生专业：信息管理与信息系统

本专业是一门综合经济、管理理论、信息技术的学科，清华经管学院也是全国最早建立的信息管理与信息系统的院校之一。本专业的培养目标是培养具有国际化视野，掌握数字经济时代商务活动规律，能够有效开发和运用信息技术及商务分析方法以优化管理、引领创新的高素质复合型管理人才。本专业的课程体系将帮助学生获得坚实的数理基础、必要的信息技术技能、扎实的商务数据分析能力、系统的管理学与经济学思维，并具有国际化视野，理解数字经济时代商务活动基本规律，能够分析、设计和开发信息系统，运用云计算、人工智能等大数据分析技术以支持生产、运营、营销、金融等各领域的管理决策和业务模式创新。目前本专业的毕业生较多选择继续深造，攻读国内外硕士和博士项目外，其余主要任职于国内外大中型机构和企业。

博士、硕士学位授予点：管理科学与工程(工学、管理学)（不分设二级学科）

“管理科学与工程”一级学科在第四次全国学科评估中为A+。管理科学与工程博士后科研流动站连续4次被评为全国优秀博士后科研流动站，是全国所有院校管理科学与工程博士后流动站中唯一获此殊荣的流动站。博士毕业生受到国内外大学和研究机构的青睐，近年来多名博士毕业生获得国内外一流大学的教职（如新加坡国立大学、北京大学、上海交通大学、南京大学、北京航空航天大学等）。

本学科所设立的清华大学-哥伦比亚大学商务分析双硕士学位项目等硕士项目，在国际和国内具有良好声誉，培养的硕士毕业生受到市场欢迎。