清华经管学院现有45个科研机构，其中有22个校级科研机构，包括2个教育部普通高等学校人文社会科学重点研究基地、1个文旅部文化和旅游研究基地、1个国家体育总局体育产业研究基地，另外还建设了23个院级科研机构。这些科研机构覆盖管理科学与工程、工商管理、理论经济学、应用经济学等多个一级学科，持续发挥智库作用，面向国家重大需求，以实际问题为导向，积极为国家建言献策，为社会回馈服务，将学术研究和政策研究紧密结合，服务国家重大战略决策。